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德國Cellzome
德國Cellzome致力于蛋白質相互作用研究
　　　今天宣布他們在1月10日的一期Nature上發表了一篇關于蛋白質組學領域的開創性研究，這篇文章第一次描述了酵母蛋白質組的功能圖譜。這幅圖譜繪制了釀酒酵母（Saccharomyces cerevisae）中的蛋白質的完整網絡及其相互作用，這個蛋白質的相互作用網絡是影響細胞在不同環境下的活性的基礎。這是第一幅描述這種關系的圖譜。
　　“這幅圖譜將能讓研究人員更加全面的評價一個蛋白質在生物學上的功能，并且為藥物開發選擇靶點提供了一個更全面的方法。”Cellzome生物學部的副總裁博士說。“通過了解靶點所處的分子環境，研究人員能夠更好的預測候選藥物在安全性和有效性方面的效果，蛋白質相互作用的圖譜建立了一個基礎，你可以在上面添加從文獻或者其他實驗中所獲得的數據。將這些信息結合起來，將能夠提高藥物開發的效率。”
　　這篇文章的題目為“通過系統的分析蛋白質復合物了解酵母蛋白質組的功能組織（）”，是該期Nature的封面文章（415卷，141－147頁）。這篇文章描繪了釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的功能蛋白質組圖譜，釀酒酵母是藥物開發中常用的一種真核生物模型。這幅圖譜描繪了1.440種酵母蛋白質的功能和相互作用，這些蛋白質形成個直接影響生物學活性的多元復合物。Cellzome的一個交叉學科小組利用獨有的一種蛋白質復合物裝配和回收技術在接近生理環境的條件下直接從細胞中分離出這些蛋白質的多元復合物，這種方法最早是由歐洲分子生物學實驗室（EMBL）開發出來的。
　　“經過幾十年來將生物復合物拆散成單個分子進行研究的過程以后，我們的新目標是將這些信息重新組織并整合到一起，以獲得對細胞行為的真實描述。”Superti-Furga博士說。
　　“酵母的基因組在1996年就被測定了，但是有將近一半的基因的功能還是未知的。我們的目標是破解蛋白質組的功能結構，這樣就能夠在分子環境內了解基因的功能，而各種細胞內的過程也可以看做是各種分子結構之間和諧作用的結果。”
　　這個小組利用同源重組的方法分別改變了酵母基因組中的1.700種基因，并用雙重的分子標簽標記這些被改變的基因。這些基因表達出的蛋白質能夠用這些標簽釣出來。由于這些蛋白質能夠與其他蛋白質形成復合物，人們通過回收標記的蛋白質所發現的通常是由這些相互作用的蛋白質形成的復合物。這些基因的表達都受內源的啟動子控制，因此在蛋白質裝配和回收的過程中，細胞內的自然生理環境幾乎沒有受到什么影響。他們利用基質輔助的激光離子化解離飛行時間質譜（）確定分離得到的每一個蛋白質，然后用生物信息學方法分析整個網絡結構。利用Cellzome公司的生物信息學方法將整個酵母的蛋白質組在蛋白質復合物水平和蛋白質－蛋白質水平上以圖形的形式顯現出來，從而使得人們能夠沿著各種功能途徑瀏覽整個“蛋白質組空間”。為了使這些數據得到們更廣泛的應用，Cellzome將這些數據放在上以便公眾使用。
　　從Cellzome的方法中所獲得的好處包括：
　　根據不同實驗條件下從體內條件下分離出的分子集合，以讓藥物開發領域找到新的切入點。
　　提供一個平臺，人們可以通過向其中增加其他數據和信息而利用生物信息學手段更好的設計實驗。
　　根據蛋白質復合物組裝的差異，預測候選藥物的安全性和效果，并對先導化合物進行優化選擇。
　　根據復合物的組成，醫學上的用途以及篩選和鑒定先導化合物的方法建立一套全面的知識產權體系。
　　通過預測未知蛋白質和已知蛋白質之間的相互作用，發現新的蛋白質及其功能。
　　“Cellzome正在超越舊的藥物開發模式，我們正在使用這項技術確定藥物的靶位點所處的精確的生理環境，這將會為我們的實驗提供更好的指導，并降低藥物開發中的風險。”
　　的首席執行官Charles Cohen說。“我們正利用這個方法研究人體的細胞，以建立與各種慢性或變性疾病的發生和發展有關的分子環境。我們最近從在英國所收購的研究機構中獲得的藥物開發經驗，將可以讓我們將這幅功能圖譜迅速的轉變成藥物開發項目。”
　　的靈活的技術平臺可以系統的應用于人體的樣本。酵母和人的直向同源物的復合物（orthologous complexes）之間的高度相似性暗示可能是一些基礎的機制控制細胞的功能。通過了解控制細胞的基礎機制，發現具有重要作用的蛋白質復合物并了解其性質，的技術可以將精力集中在真正重要的一些分子靶位點上，從而有效的促進并加速藥物的開發過程。

Cellzome is a privately-owned drug discovery and development company identifying a new generation of kinase-targeted drugs to treat inflammatory diseases. Its pipeline of small-molecule therapeutics is driven by Kinobeads?, a proprietary technology for the screening and profiling of kinase inhibitors in physiologically-relevant cells and tissues. The most advanced program, targeting PI3Kγ, is anticipated to enter the clinic in 2010, and several other programs are in early preclinical testing.

Cellzome is expanding its distinctive technology, in a novel form called Episphere?, to the discovery and development of novel drug candidates for epigenetic targets in their protein complexes.

The management team has strong scientific and commercial credentials, and is backed by some of the biotech industry's most experienced investors. Cellzome is intent on developing both organically and through merger or acquisition, whilst maintaining its values of transparency, commitment and mutual respect.

Cellzome has significant collaborations with GSK and Johnson & Johnson. Its holding company is domiciled in the US and it employs about 90 people at its two laboratories in Cambridge, UK and Heidelberg, Germany.

History
2000 The European Molecular Biology Laboratory [EMBL] in Heidelberg, Germany spins out Cellzome. Initial focus is the detailed analysis of the organization of the proteome of both yeast and mammalian cells.
2001 Completion Series B financing of € 34 million. Acquisition of GSK's CellMap Unit and foundation of Cellzome UK.
2002 Publication of the "Functional Organization of the Yeast Proteome by Systematic Analysis of Protein Complexes" in Nature - the first scientific validation of Cellzome's technology and the "Faculty of 1000" all time #1 paper in genetics and genomics (Jan 2004).
2003 Completion of Series C funding of €?30 million. Latter half of the year, entered two partnerships with pharmaceutical companies, Johnson?&?Johnson PRD and Bayer HealthCare.
2004 Cellzome published "A physical and functional map of the human TNF-α/NF-κB signal transduction pathway" in Nature Cell Biology.
 Tim Edwards appointed CEO and President. A significant research collaboration signed with Novartis to identify new drug targets and leads in a variety of disease areas.
2005 Drug discovery partnership agreed with Ortho-McNeil Pharmaceutical / Johnson?&?Johnson PRD for the identification of new medicines for the treatment of Alzheimer's Disease.
 Novartis collaboration expanded to provide further analyses of both target candidates and signalling aspects of certain disease pathways.
 Cellzome and Graffinity Pharmaceuticals awarded a €?2.2m grant from the German Ministry of Research and Education for the discovery of novel treatments for disorders of the immune system.
2006 Cellzome and the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) published the first genome-wide screen for protein complexes in Nature.
 Extension of collaboration with Novartis for further 2 years.
 Extension of collaboration with Johnson?&?Johnson in Alzheimer's Disease to March 2008.
2007 First milestone payment received from Johnson?&?Johnson for selection of lead molecule.
 Publication of Kinobeads? Technology: new targets for Glivec identified.
 Cellzome's CEO Tim Edwards appointed to the Board of the UK's BioIndustry Association.
 Cellzome Establishes Scientific Advisory Board.
2008 Cellzome appoints Dr. Jane Dancer as VP Business Development.
 Extension of collaboration with Johnson & Johnson in